Década de 90

Em 1988 o Brasil foi rebaixado para a segunda divisão gaúcha, retornando em 1991 com o título Estadual da divisão de acesso. A década começava bem para o xavante que ganharia os títulos de:

Campeão da Copa Cidade de Porto Alegre em 1991.

Campeão da Copa Clébel Furtado em 1992.

Campeão da Copa Rio Grande do Sul em 1993.
Campeão da Copa Giuglianni Filho em 1995.
Vice-campeão da Copa Daltro Menezes em 1996.

Nessa época o Xavante ficou conhecido como “Papa Tudo”, devido a sequência de títulos.

Em 1995 o Brasil volta a jogar um campeonato Nacional, agora pela série C do Brasileiro e fica em 14° lugar

Em 1995 o Brasil acabou rebaixado para a segunda divisão do Campeonato Gaúcho de Futebol. Ma logo em 1996, o time já retorna à primeira divisão estadual. Logo na abertura do campeonato, o Brasil ganhou por 1 a 0 do Internacional, no Bento Freitas.

Ainda em 1996 mais um fato marcante da torcida xavante. O Brasil precisava da vitória contra o Internacional na capital para passar a fase final do gaúchão, o Inter já estava desclassificado. 5.0000 torcedores se deslocaram ao Beira Rio e deixaram atônitos os torcedores colorados que se encontravam em menor número na arquibancada em plena Porto Alegre.

Provavelmente foi a única vez que a torcida do inter esteve em menor número jogando em sua casa, descontando alguns grenais. o resultado não foi o esperado, 4 x 1 a favor do Inter. mas o que ficou marcado foi o show xavante na arquibancada, mesmo com o final do jogo.

No campeonato de 1997, o Brasil chegou às semifinais, sendo obrigado a disputar a primeira partida no Estádio Aldo Dapuzzo, em Rio Grande, devido ao seu estádio ter ficado interditado. O adversário foi o Grêmio e a partida terminou empatada em 1 a 1. No jogo de volta, um empate em 2 x 2 no Olímpico levou a decisão da vaga para os pênaltis, mas após 12 cobranças o Brasil foi desclassificado. Mas a resposta do Brasil não tardaria e no Campeonato Gaúcho de 1998 elimina o Grêmio em dois jogos muito empolgantes. No primeiro jogo, acabou empatando em 0 x 0 no Bento Freitas e na partida de volta no Olímpico, vence por 2 x 1, empurrados pela torcida xavante que se deslocou a Capital e também pelas declarações do então técnico do Grêmio, Sebastião Lazaroni, que acusava na imprensa os jogadores do Brasil de terem jogados dopados na primeira partida. Nem mesmo o jovem craque Ronaldinho Gaúcho, que já atuava pelo tricolor foi capaz de parar o Rubro-Negro. Resultado: Festa em Pelotas.

Cléber Gaúcho, que encerrou a carreira de jogador em 2010 no Brasil lembra até hoje da Baixada lotada para esperar os atletas após a vitória contra o Grêmio. " O estádio estava lotado, parecia que tinha jogo e já era quase meia noite quando chegamos a Pelotas."

Em 1999, o Brasil acabou mais uma vez rebaixado para a Segunda Divisão, conseguindo retornar a elite somente no ano de 2004.

No campeonato Brasileiro da Série C de 1998 o Brasil faz uma grande campanha parando na penúltima fase do campeonato, sendo eliminado pelo Avaí na Ressacada nos pênaltis (4x2) após empatar em 2x2 em Pelotas e 2x2 em SC.

O Avaí acabou sendo o campeão da Série C nesse ano.

Fora de campo, os rubro-negros mostram a força da união e do trabalho em favor do clube. No final da década de 90, Cláudio Andréa e sua equipe trabalham forte para concluir as obras do novo Pavilhão Social no estádio Bento Freitas. O "caldeirão" ganha nova cara e os dirigentes prestam uma homenagem ao ex-presidente Jaime de Carvalho, com a colocação de seu nome no moderno pavilhão. Existe um projeto para a construção de um segundo módulo, junto ao atual Pavilhão Social.